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【第一話】遥か太古に地球を我が物にしようとし、神の力によって海に沈められたとする古代文明。一ノ瀬健一郎は、そのジャムー帝國が近い将来復活し、人類を滅ぼすと学会で訴え続けていた。しかし、その主張は相手にされず学会を追われてしまう。そんな時、健一郎の発表を信じる一人の女性が現れる。その女性は後に健一郎と結ばれる蛍子であった。ジャムー帝國の復活を阻止する為、二人は協力し合いマグナシステムの開発を進めていった。一方、ジャムー帝國復活のカギを握る女王ハイドラは、神が複数地球上に分散させた、帝王ジャムーの魂、ソウルクリスタルの回収を急ぐ！それから時が流れ、健一郎の娘である明菜がマグナシステムを使いマグナアクアとなり戦いを繰り広げていた。【第二話】健一郎の開発したマグナシステムを使いこなした光流。マグナフレアそして明菜と合体し、マグナイザー1となりハイドラが創り出したキャンサーを倒す事に成功する。幼少の時からマグナシステムの訓練を受けてきた明菜にとって、義理の妹である光流の存在は嬉しくもあり自分自身がマグナイザー1になる事が出来ないジレンマに駆り立てられていた。そして光流は、母親である蛍子が亡くなり何故に健一郎のもとに来たのかを知る。自分の存在価値に疑問を感じた明菜の前にハイドラが創り出した第二の敵が現れる。明菜は「これが最後の戦い」と心で呟き戦う事を決意するが…。

国連は世界中から集められた選りすぐりの戦士三名による特殊部隊サンレンジャーという部隊を結成し、悪の秘密結社ダゴーンに敢然と立ち向かうのだった。そんなある日、各国で奇怪な事件が頻発する。人々が突如ミイラ化した死体で発見されたのだ。時同じくしてエジプトの博覧会からツタンカーメンが強奪される事件が起きていた。そのころ、日本では児童誘拐事件が頻発していた。サンレンジャーは謎の不審死事件と誘拐事件にダゴーンの陰謀を感じ、捜査を開始する。自ら囮となったサンジュニアとミサにダゴーンの怪人ノロイマミーが襲ってくる。明らかとなった事実…それは、ダゴーンの総帥ドグマはツタンカーメンが残した石版から不老不死の技術を解読し、自らが不死となり永遠に世界を征服しようと画策しているという事だった。ミサは単身、ドグマの計画を阻止しようと敵地に乗り込もうとするが捕まってしまい、激しい尋問を受け、最後はノロイマミーに「ミイラの呪い攻撃」で棺の中にとじこめられてしまう。果たしてミサはこの窮地から脱し、ダゴーンの魔の手から世界を救う事が出来るのか！

正義のヒロイン、ジャスティーナは子供たちを偏差値によって選別しエリートによる銀河系支配を目論む悪の惑星PTAから地球の子供たちを守っていた。しかしPTA惑星の女幹部ヒステリアに激しい洗脳拷問を受け多重人格になり悪の女幹部ジャスティーナに生まれ変わってしまう！その後、漆が丘中学で女教師に化けたジャスティーナは偏差値の低い学生たちを密かに宇宙の収容所に送る特殊工作員として働いていたが、ある日、何かの衝撃により人格が入れ替わってしまい、正義のジャスティーナに戻ってしまう。記憶を失ったジャスティーナは自分を恐れる生徒達から事の次第を聞きだし、本来の自分を取り戻すためにPTA惑星に単身戦を挑む事に！