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レッドドラゴン、イエローグリフォン、ピンクフェニックスのアースファイターの3人は、悪の組織ブラッククロスと戦い続けていた。ピンクフェニックス・鳳桃香は、女戦闘員になりすまし基地に潜入することに成功する。だが、そこには逃げ帰ってきた女戦闘員に罰を与えようとする女幹部ダークプリンセスが待ち構えていた。女戦闘員たちを処刑しようと襲い掛かってきた女怪人に反撃し正体を明かした桃香は、ピンクフェニックスに変身しようとするが、ダークプリンセスに変身ブレスレットを破壊されて変身不能になり捕らえられてしまう。潜入したまま連絡が取れなくなった桃香を心配したレッドとイエローは、見習いのブルーマーメイドとともに桃香の行方を探るが、見つけることはできないでいた。その頃、ダークプリンセスは、桃香から○問で情報を引き出すことをあきらめて、ブラッククロスの一員にしようと洗○を行っていた。そして○問で弱った桃香は、洗○に耐え切れずに女戦闘員になってしまう。戦いに出撃しマスクをはがされた桃香は、正体を知って戦えないレッドとイエローを殺してしまう。一人戦うブルーマーメイドも、桃香に助けを求めながら怪人に殺されてしまい、その死体をみて、正気に戻る。ピンクフェニックスに変身もできずダークプリンセスに戦いを挑むが、女戦闘員の姿では勝てるはずもなく、気力を振り絞ってダークプリンセスを倒すが力尽きて怪人に殺され、アースファイターは全滅してしまうのだった。

惑星アルフォンスの王族を守るために誕生したバイオノイド・オフィーリア。しかし、惑星アルフォンスは昆虫進化型ヒューマノイド・ガルフジェイドの侵攻により壊滅の危機を迎えてしまっていた。オフィーリアを生み出した科学者エクセラは、生命維持カプセルに乗せて彼女を宇宙外へ放出したが、ガルフジェイドのリーダー・レディップは、彼女の体内に埋め込まれた惑星の情報〈箱舟プロジェクト〉を手に入れるため、追跡を開始する。 惑星アルフォンスと似た環境を持つ地球へとたどり着いたオフィーリアはレディップの手先・リフノガルドを圧倒的な力の差で倒すも、体内に卵を産み付けられてしまう。そしてついにレディップと衝突することになったオフィーリアだったが、腹部に激しい痛みに覚え、まともに戦える状態ではなかった。卵と一緒に惑星の情報を取り出そうとするレディップは、まず彼女のアーマーを弱体化させるために粘液を吐きかける。全身粘液まみれでもがくオフィーリアを蜘蛛糸で拘束し、背中から生えた足でアーマーの中へ進入するレディップは、オフィーリアの体内の卵に栄養を与えるべく、卵管を無理やり彼女の口にねじ込んでいく。そして、巨大な蟲に手足を飲み込まれ、肉体の情報を失った彼女にはもはや戦う力さえ残っていない。その時、生みの親エクセラの声が記憶を奪われたはずのオフィーリアの頭の中に響いた…。

現実とはほんの少し違う別の世界。人類はこの世界を東西に二分し、お互いの主張を掲げながら、互いに奪い合い、そしてそれぞれの意味する平和と言う形へ歩んでいった。東側のテロ行為に対抗するために西側は特殊要人警護チームを創設。その中でも前線で常に活躍し、実績を上げるチーム・ガルーダに所属するリオ、メイ、ジンは新たな任務として、東側から亡命してくるロボット工学の権威・天利博士の護衛を命じられる。博士と合流したものの、行動は常にテロ○スト達に筒抜けており、さらにそのテロ○スト達は銃弾さえも弾き飛ばす鋼鉄のサイボーグであった。サイボーグと戦うリオとジン。しかし、一瞬の油断からリオを庇ったジンが銃弾に倒れてしまう。そして、巨漢サイボーグ・グールの登場でさらにピンチに追い込まれるリオ。一方で博士と逃亡を続けるメイの前にも一人の男が立ちはだかる…。