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「国際特務捜査官」若月安奈は連続化学薬品工場爆破テロの犯人を追っていた。そんな時、新たに薬品工場が何者かに襲撃される事件が発生！安奈は村田部長と共に現場に急行する。死闘の末、犯人グループを制圧するが、犯人は撃たれても生き返り、再び襲い掛かって来たのだ！正体不明の犯人を取り逃がした安奈は捜査の末、犯行の裏にドリオン製薬と死んだ細胞を蘇らせることができる「ファントム細胞」の開発者で消息不明中の雨原博士が関係している事を突き止める。早速、雨原博士の自宅に聞き込みに向かう安奈。しかし真相に近づきつつある安奈は内通者の裏切りで暗殺されてしまう。事件は闇に葬り去られたかのように見えたが、安奈は不死身のテロリストと同じく、霊安室で蘇る事に。戸惑う安奈だったが、死んだことを逆手に情報分析官のコースケと共に事件の解明に乗り出す…。

宇宙思想科学研究部という怪しげな部活の部長を務める高校3年生の南ゆう。ゆうは、同級生の男子生徒、翔とたった二人だけのその部で毎日宇宙のことを考えていた。夏休み前、廃部が決まっている部活の最後のイベントとして、夏休みに二人で宇宙人調査のため海へ行く計画を立てていたゆうたちの前に、杏という転校生が現れる。杏は、初めて会ったゆうに、宇宙思想科学研究部に入部したいと申し出る。不思議がるゆうだが、杏との会話の中に何かを感じ入部を認め、夏休みに三人で海に出かけるのだった。その海は、ゆうが、幼少の時、宇宙人に拉致されたという海だった。調査している三人。宇宙人の痕跡に反応するという装置を使って調べているゆうの前に現れた杏は、いきなりゆうを羽交い絞めにし、『あなたの体内に埋め込まれたものを調べたいの』という。杏の言っている言葉の意味が分からないゆう。その時、特殊部隊の格好をした者が突如現れ、杏は、姿を消し、ゆうはその者たちに連れ去られてしまうのだった。基地のような部屋で取り調べを受けるゆう。激しい取り調べを受け気絶しているゆうの脳裏に翔の叫び声がこだまする。そして、ゆうの体に眠るシャウティスエネルギーが覚醒するのだった…。巨大ヒロイン・シャウティス、逃れられない宇宙の運命にゆうは青春の全てを賭けて戦うのだった。